Hyfforddwyd Jonathan yn Ysgol Feddygol Genedlaethol Cymru yng Nghaerdydd , gan gymhwyso yn 1979. Ar ôl blwyddyn fel Uwch Swyddog Preswyl (SHO) yn gwneud ymchwil i feddygaeth yr henoed, symudodd i Ferthyr Tudful yng Nghymoedd De Cymru i hyfforddi fel Meddyg Teulu. Bu'n feddyg teulu ym Merthyr rhwng 1984 a 2015 pan ymddeolodd o waith clinigol.

Bu’n Gadeirydd Grŵp Archwilio Gofal Sylfaenol Bro Taf o’i gychwyniad yn 1996. Roedd yn Uwch Ymgynghorydd Clinigol ar gyfer Ansawdd Gofal Sylfaenol rhwng 2000 a 2016 gan gynghori’r Llywodraeth ar berfformiad a Mesurau Canlyniadau. Bu’n Athro Allanol Gofal Sylfaenol yn ysgol Gwyddorau Gofal ym Mhrifysgol De Cymru ers Hydref 1997 ac mae wedi gweithio gyda WIHSC ar lawer o brosiectau. 

Ymhlith ei ddiddordebau ymchwil mae iselder ôl-enedigol, ansawdd ac effeithiolrwydd clinigol (yn benodol clefyd siwgr a chlefyd coronaidd y galon), strategaethau datblygu gofal sylfaenol (yn enwedig mewn cymunedau difreintiedig yn gymdeithasol ac yn economaidd), ymgynghoriad fel profiad traws-ddiwylliannol a dysgu aml-ddisgyblaethol ym maes gofal sylfaenol.